在“阿波丸”事件身上，有许多未解的谜团：有盟军保障的“阿波丸”在海面能见度极差的情况下为何要全速行驶？美军早已知道“阿波丸”的图纸，可经验丰富的“皇后鱼”号，在该船灯火通明时为甚错认为是有威胁的军舰呢？当潜艇从后面追赶时鱼雷在艇尾发射，这合乎逻辑吗？美军只发射了4颗鱼雷，但船却在３分钟内就沉了，这让人不得不怀疑它配备了自爆装置！当“阿波丸”上装载的大量珍贵物资和财宝被美军查获时，这个自爆装置可使船只自沉，以免让别人获利。许多国家都向中国提供自己关于“阿波丸”的情报，希望能够参与打捞，在1977年4月5日，国务院、中央军委明确指示同意勘测、打捞“阿波丸”号沉船的方案，中国历史上规模最大的打捞工程就此展开。